1、类型不同

（1）氨基酸肥料：氨基酸叶面肥属于有机无机复合（螯合）型水溶肥料，多采用螯合生产工艺进行制造，含有的微量元素较多，螯合值越高作物对肥料的吸收利用率越好，比如高效摩尔叶面肥的吸收利用率一般可超过95%。对中后期需肥量为高峰期、需肥较多的作物使用氨基酸叶面肥之后，经过7天左右就能达到显著的膨果、上色、促早熟、改善品质等效果。

（2）腐殖酸肥料：属于有机无机复合（螯合）型水溶肥料，对于长期使用化肥的农田而言，使用腐殖酸肥料可改善因此造成的土壤板结、肥力下降、追肥量较多但产量却一直不高的情况。使用此类肥料还能疏松土壤，快速调节土壤结构，让植物更好的吸收土壤中的营养。

2、特点不同

（1）氨基酸肥料：属于含氮的脂肪酸，分子量较小。

（2）腐殖酸肥料：属于大分子芳香族中的有机羧酸。

3、作用不同

（1）氨基酸肥料：能够显著提高作物对于养分的吸收和转化利用率，而且还可以增强作物的抗逆性、抗病性。

（2）腐殖酸肥料：可以快速活化土壤，调节土壤的酸碱度，促进作物的新陈代谢，增强光合作用，增加坐果率和单果重；还可以防止发生落花落果的情况，避免作物受到病虫害的侵染。除此之外，还能延长农产品的采摘期、保鲜期，缓解因施用除草剂而带来的某些病害。